RSAM-02 转录组表达量计算与差异表达分析

本分析模块是对受测样本转录组表达量进行计算。基因表达量的计算将考虑基因表达量标准化(normalization)这一因素，采用RPKM计算方法。RPKM具体定义为：reads per kilobase per million mapped read。我们采用的RPKM考虑到可变剪接（AS）形式的多样性，并根据该AS的注释综合计算基因的表达量。根据考虑SJ的RPKM方法，我们保证具有较多内含子（intron）的基因的RPKM不会被低估。zei后，我们将对基因model上的所有read数目求和，并将对其进行标准化处理（通过millionreads数目）。标准化的目的是为了矫正来自转录本3'端的较强偏差。 
 

图例 转录组基因表达量计算原理图 

 

图例 基因表达量分布与火山图

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