App Pro-09 蛋白质结构建模分析  

在计算机分子模拟理论方面，本团队具有雄厚的实力及丰富的从业经验，能够在很短的时间内搭建起计算机酶分子改造平台，并以此为基础完成高质量的蛋白质结构模建、结合模式预测、分子对接以及蛋白质设计工作。除了掌握业界常用的各种主流蛋白质模拟软件的理论原理及操作，我们还拥有多款原创的分子模拟程序，可以完成各种特有的、高效的分子改造工作。 
 

分子动力学模拟

掌握MD模拟技术，可进行蛋白、蛋白-小分子、蛋白-DNA/RNA、DNA/RNA及蛋白-生物膜等多种生物学体系的分子动力学模拟研究。所用软件涉及NAMD、Gromacs、Amber、CHARMm等主流MD模拟程序以及自行开发的模拟程序。 
 

同源模建与从头预测

掌握蛋白质同源模建及球蛋白和跨膜蛋白的从头预测技术，在同源性高于30%时，可利用同源模建技术获得较高精度的模型；若无较好的同源模板可用，则可利用从头预测技术对目标蛋白的结构进行预测。在蛋白质模建中，我们对于抗体的模建尤其准确，除去重链的CDR-3区以外，模建结构与晶体结构间的均方根偏差（RMSD）可控制在2Å以内；重链CDR-3区与晶体结构间的RMSD视其序列长度的不同而不同，当其序列长度小于10个残基时，平均RMSD可控制在2.5-3Å之内。高精度的模建技术是计算机辅助抗体设计成功的保障。以EGFR单克隆抗体Cetuximab为例，其与EGFR复合模型如图8所示。该模型很好的反映出了Cetuximab与EGFR的结合模式，因此为基于Cetuximab的改造提供了良好的技术支持。 
 

图 Cetuximab单克隆抗体与EGFR复合物模型 

 

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BioGenius具有蛋白质组数据丰富的分析处理经验。分析内容涉及：原始数据蛋白鉴定分析，蛋白修饰分析，蛋白质结构域分析，蛋白质相互作用分析，蛋白质结构建模分析，采用分子动力学模型预测蛋白-蛋白对接与蛋白-配体对接及其结合位点等。

蛋白质组是对蛋白质特别是其结构和功能的大规模研究。蛋白质组学比基因组学要复杂得多。基因组是相当稳定的实体，而蛋白质组通过与基因组的相互作用而不断发生着改变。一个生命体在其机体的不同部分以及生命周期的不同阶段，其蛋白表达可能存在巨大的差异。

常用的定量蛋白组学技术有：iTRAQ技术，LC-MS/MS技术等。 

 

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