RSAM-17 转录组进化分析-基于转录组序列的进化分析


本方案采用直系同源基因分析技术获得物种间存在的Ortholog基因对/簇（pairs/cluster），并采用多重序列比对分析技术分析物种间Ortholog基因对/簇序列的全局转录组进化距离，并构建进化树。方法可分别采用NJzei优临近和zei大似然法构建系统发生树。另外，本方案对于进化选择性进行分析。依据同源基因簇内的非同义替换（Ka）与同义替换（Ks）比率采用zei大似然法计算替换率，并判断正向进化基因。当Ka ⁄ Ks > 1，转录本趋向于正向选择。zei后，分析定位的正向选择基因的功能富集程度。