8个毛细管的3500系统和24个毛细管的3500xL系统，都经过升级的导热系统设计，更好地满足DNA片段分析时对温度控制的严格要求。
采用505nm单波长固态长寿激光源，标准电源供电，无需与其他仪器之间以及不同毛细管之间的信号强度一致性得到显著改善。
提供强大而全面的数据采集和初步分析软件，可以提供数据质量的实时评估。
采用无线射频识别(RFID)技术追踪关键消耗品数据，并记录管理信息。
具有先进的多色荧光分析能力，可进行DNA片段的多达6种不同荧光染料的多重检测。
具有无与伦比的应用灵活性，毛细管阵列和聚合物分离胶通用于大部分研究应用。
安装、操作和维护简单，是迄今为止最容易拥有、最方便运行的DNA测序仪系统组件和消耗品。
AppliedBiosystems3500和3500xL基因分析仪包含以下组件：
- 毛细管电泳仪
- 8个（3500系统）或24个（3500xL系统）毛细管阵列和高分子分离胶
- 专用的DNA测序和/或片段分析系统试剂和耗材
- Dell计算机工作站和液晶显示器
- 用于仪器控制、数据采集、质量控制以及样品自动分析的整合软件
AppliedBiosystems 提供了适用于3500系列系统的以下消耗品：
- 毛细管阵列：内部无覆层的毛细管组装在每个阵列上，有内置框架便于安装。支持多种长度以及运行方法。
- 50cm阵列已经针对多种应用优化，可以使用特定的POP-7™高分子聚合物和运行模块，简化了用户的选择并缩短了运行时间。
- 3500和3500xL毛细管阵列定制进样160次。