全基因组重测序

全基因组重测序通过对已知基因组序列的物种进行不同个体的基因组重测序和序列比对，可以找到大量的SNP(Single Nucleotide Polymorphism)、InDel(Insertion/Deletion)、CNV(Copy Number Variation)等信息，从而进行个体或群体的基因组的差异性分析，在植物育种研究、遗传进化分析及重要性状候选基因预测方面，具有重要的科研和产业价值。

推荐测序模式

HiSeq X-Ten、PE150 
30 X基因组大小

欧易特色

专业的技术操作人员
十年文库技术沉淀，具有丰富的样品处理经验和建库经验
完善的质控过程
提供整套质控分析，确保数据准确性
个性化的生物信息分析服务
专业的生物信息分析团队，熟悉各种分析算法和软件；与客户充分互动，提供更多个性化分析思路和分析方案
易读性强的数据报告
提供多方面数据及图形内容，同时撰写详细的软件使用手册，帮助客户更好的进行数据查看

案例展示

案例一   WGS揭示肾透明细胞癌发病关键时间截点

研究背景

每年全球约有300，000例肾癌发生，死亡率高达50%，肾透明细胞癌是一种较为常见的亚型肾癌，超过90%的肾透明细胞癌组织的基因都表现出3号染色体短臂的缺失，超过65%-70%病人表现出染色体5q的获得。前期研究表明3号染色体短臂的缺失及VHL突变是癌症发展的关键事件。

研究内容

本研究对来自33位病人的95个活检组织进行全基因组测序，在TERT的5’UTR区发现热点突变位点，该位点为MYC-MAX-MAD1阻碍蛋白的靶点，与端粒延长相关。常见的结构异常为染色体3p缺失及5q获得的同时发生（占36%），该结构异常的主要发生在生命的早期（平均而言在青少年早期），通常被视为肿瘤发生的起始事件。通过比较在不同年龄段的遗传性癌症及散发性癌症，发现散发性癌症中出现染色体3p缺失的细胞数不超过几百个。对肾透明细胞癌早期发展轨迹的深入了解，为疾病的早期介入提供的机会。

 图 | 肾透明细胞癌发生时间线

图 | 肿瘤组织突变信息

研究结果

1. 利用全基因组测序对来自33位病人的95个活检组织进行检测，平均测序深度为67×，在每位病人中发现平均7680个体细胞突变及1193个Indels。
2. 通过对非编码区的突变分析，在TERT的5’UTR区发现3个热点突变位点，这些突变位点位于或靠近E-box处，使得端粒延长阻碍蛋白复合物MYC-MAX-MAD1结合受阻，导致端粒长度增加。
3. 启动肾癌的基因变化是3号染色体短臂的缺失，对染色体3p缺失位置准确定位，染色体结构突变高频率的模式是同时发生3p缺失并获得5q（t(3;5) 染色体碎裂事件）。借助TCGA数据分析发现，在其它肾癌中，该事件发生频率与本研究结果一致。
4. 染色体破裂是引起染色体3p、5q拷贝数变异的主要原因，通过对断裂位置分析，发现在3p、5q之外没有明显共有的染色体破裂位置。通过对TCGA数据分析发现，在其它肾癌中，5q区域上大多数基因表达水平上调。
5. 通过对病人诊断年龄与碱基替换事件进行相关性分析发现，肾癌体细胞突变累积与年龄呈线性相关，在整个生命周期中，随着年龄的增加，肾细胞中的突变恒速累加。
6. 通过统计染色体5q上突变数及突变频率，发现染色体5q的获得发生在生命的早期（平均而言在青少年早期），早于诊断出肾癌30-50年。t(3;5)事件的发生由3p缺失引起。
7. 通过对伴随林道综合征的肾透明细胞癌病人的全基因组测序数据进行分析发现，这些病人的表现出相同的进化轨迹及突变模式。
8. 染色体3p缺失作为肾癌初始驱动事件，开始只发生在几百个细胞内并处于潜伏期，当进一步发生突变后才会引起肾癌的发生。

参考文献
Mitchell TJ, Turajlic S, Rowan A, et al. Timing the Landmark Events in the Evolution of Clear Cell Renal Cell Cancer: TRACERx Renal. Cell, 2018; 173(3): 611-623. (IF: 31.398)

常见问题

1. 基因组重测序的数据量一般需要多少？
一般情况下，推荐30×基因组大小的测序深度，如果基因组的复杂程度较高或对SNP有较高的准确率要求，会适当加深测序深度。
2. 基因组重测序可以检测哪些变异？
重测序一般可以检测单核苷酸多态性（SNP）、插入缺失（InDel）、拷贝数变异（CNV）、染色体结构变异（SV）等。