基化特异性的PCR（Methylation-specific PCR，MSP）
用亚硫酸氢盐处理基因组DNA，所有未发生甲基化的胞嘧啶被转化为尿嘧啶，而甲基化的胞嘧啶不变；随后设计针对甲基化和非甲基化序列的引物进行PCR。通过电泳检测MSP扩增产物，如果用针对处理后甲基化DNA链的引物能得到扩增片段，则说明该位点存在甲基化；反之，说明被检测的位点不存在甲基化。
亚硫酸氢盐测序法（Bisulfite sequencing PCR，BSP）
用亚硫酸氢盐处理基因组DNA，则未发生甲基化的胞嘧啶被转化为尿嘧啶，而甲基化的胞嘧啶不变。随后设计BSP引物进行PCR，在扩增过程中尿嘧啶全部转化为胸腺嘧啶，最后对PCR产物进行测序就可以判断CpG位点是否发生甲基化称为BSP-直接测序方法。将PCR产物克隆至载体后进行测序，可以提高测序成功率，这种方法称为BSP-克隆测序法。
 高分辨率熔解（High  Resolution Melt'' HRM）
   是一种最新的在表观遗传学中检测CpG位点的一种新技术。随着温度的升高，双链DNA（dsDNA）会分解为单链（ssDNA），HRM 技术就是根据PCR双链产物的分解（溶解）特性对其进行分析。在HRM 分析之前，必须扩增靶序列。应用针对亚硫酸氢盐转化后序列特异性的引物，而不是甲基化特异性引物进行亚硫酸氢盐转化后DNA 扩增。因此，引物应当包含若干转化后胞嘧啶，并应当在CpG 位点边上。以此确保只扩增亚硫酸氢盐转化后DNA，并在HRM 分析过程中区分甲基化和未甲基化CpG。
科研和临床应用
l 肿瘤的早期预测、分类分级、预后评估及多种疾病的分析。
l 转录水平分析：位于启动子区域的甲基化一般会抑制转录。
l 细胞凋亡等调控机制的研究。
操作流程：

提取高质量DNA

采用Qiagen Epitect Bisulfite Kit进行亚硫酸氢盐修饰

以修饰后的DNA做为PCR模板，进行MSP、BSP、HRM等分析

标本采集、保存、运输
l DNA样品，如需长途运输，可将检测合格的样品编号密封，注意切勿泄漏，冷冻运输。
l 组织和细胞样品，采样后立即用液氮速冻，于-80℃保存，冷冻运输。
l 血液样品：新鲜全血EDTA抗凝或枸椽酸钠抗凝，2-8℃48 h内运送到实验室，如不能立即运送，样品采集后于-20℃或-80℃保存，冷冻运输。
客户须知
l 细胞（≥1×IOn个）、组织(≥300 mg)、血液(≥1 ml)、血清(≥1.5 ml)等样品，基因组DNA（体积≥20川，；农度≥50 rigMI，用ddH20溶解DNA）。
l 客户需提供检测目的基因的名称、序列或者Genbank序列号。
达晖提供
报告单包括：详细的实验报告（仪器、试剂、引物序列、实验流程、甲基化程度分析等），检测方法、检测结果（MSP电泳图片、BSP测序结果或HRM熔解曲线）、检测结果解释（检测区域是否发生甲基化），举例如下：
检测方法：MSP法
检测结果：2%琼脂糖凝胶电泳图