蛋白质组是生物体的功能执行体，而转录组是连接基因组和蛋白质组的中间模块。生物体往往通过基因的转录调控基因表达，同时也通过翻译调控以及翻译后的调控进一步对蛋白质的表达进行调节。当前研究表明转录组和蛋白质组的相关系数往往只有0.4左右，表明其间的翻译和翻译后调控对蛋白质的表达具有非常重要的作用。

因此，当前的研究越来越倾向于同时检测转录组和蛋白质组的表达水平，这种研究能充分利用转录组 和蛋白质组研究的差异性和互补性，对基因的表达水平进行全方位的衡量，以获得基因表达各个步骤表达和调控的全景图，发掘常规单个组学未能发现的新结果。

应用领域

基础医学、临床诊断：生物标志物，疾病机理机制，疾病分型，个性化治疗等； 

生物医药：药物作用机理，药效评价，药物开发等；

微生物领域：致病机理，耐药机制，病原体-宿主相互作用研究等； 

海洋水产：渔业资源，海水养殖，渔业环境与水产品安全等；

食品营养：食品储藏及加工条件优化，食品组分及品质鉴定，功能性食品开发，食品安全监检测等。