产品描述
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转录组即特定细胞在某一功能状态所能转录出来的所有RNA的总和，包括mRNA和非编码RNA。转录组测序(RNA-Seq)分析利用第二代高通量测序技术，依托联川生物强大的生物信息分析平台，能够全面快速地获得某一物种特定器官或组织在某一状态下的所有mRNA转录本。
技术优势
◆ 高覆盖度：单次转录组测序实验即可获取全面的转录本信息。
◆ 链特异性文库：采用链特异性文库构建方案，确保转录本的方向性，获取更准确的定量结果。
◆ 全面分析：不仅提供转录本鉴定、注释和表达谱分析，还提供包括转录组SNP、InDel、可变剪接等深度分析。
◆ 编码区SNP分析：首推人类转录组SNP精细分析；相比在基因组鉴定致病突变，转录组Coding SNP才是关键的SNP。
◆ 关联分析：联合miRNA和/或蛋白质组数据开展跨组学关联分析。
技术流程
测序策略
◆ HiSeq2500，100 Paired-End（即将升级至125 Paired-End）
◆ 有参考基因组的转录组测序推荐≥ 4G Clean Data
◆ 无参考基因组的转录组测序推荐≥ 10G Clean Data
案例分析
案例一：转录组de novo测序鉴定沙冬青根转录组并发现耐旱相关基因1
沙冬青（Ammopiptanthus mongolicus）是一种极其耐旱的阔叶常绿木，可以在沙漠中正常生长。但是目前有关沙冬青的转录组和基因组数据却比较缺乏，不足以分析其耐旱的分子机制。本研究采用转录组de novo测序技术全面鉴定了沙冬青根的转录组。通过序列拼接组装获取了29,056条特异序列，并发现了1,827个潜在的SSR分子标记。通过序列相似性比对，上述组装的序列对应着9,771个蛋白。GO分析发现了上百个与耐旱相关的基因。 上述实验结果将有助于进一步分析沙冬青的干旱适应性。
案例二：转录组测序表征尼古丁致癌的遗传基础2
尼古丁是一个已知的诱使癌症发生的风险因子，可以改变细胞和组织中的基因表达。本研究利用无偏好性的转录组测序技术对正常上皮细胞受尼古丁胁迫下的转录组进行分析，鉴定出138个差异表达的基因，包括39个未表征的基因；发现有173个主要与DNA复制、重组以及修复相关的基因发生了可变剪接（图1）；实验中发现尼古丁胁迫应答zei突出的两个基因（HPCAL4和NPAS3）与癌症相关，但此前未报道与尼古丁胁迫应答有关。该研究利用转录组测序揭示了许多以前未知的尼古丁胁迫对正常上皮细胞转录组造成的影响。
