降解组测序联川生物技术公司

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降解组测序

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鉴定microRNA（miRNA）调控的靶基因是阐释miRNA复杂调控机制的关键。在生物体内，miRNA可通过抑制mRNA翻译或是诱导mRNA剪切降解，从而调控基因表达，发挥生物学功能。相比于动物，在植物中miRNA诱导基因剪切降解的方式会更为普遍。降解组测序（Degradome Sequencing）正是利用高通量测序技术结合生物信息学手段对这些mRNA降解片段进行大规模鉴定，进而鉴定miRNA调控靶基因的技术。降解组测序技术既摆脱了仅利用生物信息学预测靶基因带来的高假阳性，又避免了常规靶基因鉴定手段（如5’ RACE）低通量耗时耗力的不足，显著促进了miRNA的功能研究。

降解组测序的原理是，miRNA剪切靶基因产生二个片段，5' 剪切片段和3' 剪切片段。其中3' 剪切片段，包含有自由的5' 单***酸和3' polyA尾巴，可被RNA连接酶，连接产物可用于下游高通量测序；而含有5' 帽子结构的完整基因，含有帽子结构的5' 剪切片段或是其他缺少5' 单***酸基团的RNA是无法被RNA酶连接，因而无法进入下游的测序实验；对测序数据进行深入地比对分析，可以直观地发现在mRNA序列的某个位点会出现一个波峰，而该处正是候选的miRNA剪切位点（实验流程请参见下图）。

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