非编码RNA(non-coding RNA)是指不能翻译为蛋白的功能性RNA分子。分为看家非编码RNA(housekeeping non-coding RNA)和调控非编码RNA(regulatory non-coding RNA),其中具有调控作用的非编码RNA按其大小主要分为两类:短链非编码RNA(包括siRNA、 miRNA、piRNA)和长链非编码RNA(Long non-coding RNA,lncRNA)(见表1)。近年来,大量研究表明非编码RNA在表观遗传学修饰中扮演了重要的角色,能在基因组水平及染色体水平对基因表达进行调控,决定细胞分化的命运。
用新一代测序方法进行non-coding RNA分析的优势:
1)不依赖参考基因组;
2)更加全面的发现新的非编码RNA;
3)能够知道链的方向性。
一、技术方法和路线:
样品检测——去除核糖体RNA——链特异性文库制备——cluster制备——上机——基本数据处理——生物信息分析
1、 样品检测
1) NanoDrop 1000分光光度计
2) 琼脂糖电泳
3) Agilent2100
2、 文库制备