技术简介
真菌属于较低等的真核生物, 种类庞大而多样;真菌基因组大小一般在 2.5Mb~150Mb,
复杂程度介于细菌和大型动植物之间。以Illumina为代表的二代测序技术平台很难解决微生物基因组中的重复区域与高GC区域的组装问题,往往需要借助RCR扩增、Sanger测序等方式来填补组装后基因组中的gap。 PacBio三代测序平台的长读长及无需PCR扩增的技术优势,可进一步降低引入人为错误的可能性,克服部分微生物基因组GC含量高或重复序列多等问题,实现对微生物基因组进行更加详细的描绘,进而推进精细基因注释等研究。
目前PacBio RS II测序仪一个 SMRT Cell 含有 150,000个ZMW,数据产出 500Mb-1.5Gb/SMRT Cell;PacBiozei新型Sequel测序仪一个 SMRT Cell含有 1百万个 ZMW,数据产出约 5-10Gb/SMRT Cell。
产品优势
超长的读长和超高的准确性,可获得0 gap基因组完成图,1个contig=1条染色体
无GC偏好性,对于GC%正常菌株和GC%异常菌株,PacBio平台可获得高质量测序数据
对于包含质粒的菌株,不仅可获得完整的真菌染色体基因组,还可同时获得完整的质粒基因组序列
样品要求