de novo 测序

从头测序即de novo 测序，不需要任何参考序列资料即可对某个物种进行测序，用生物信息学分析方法进行拼接、组装，从而获得该物种的基因组序列图谱。利用全基因组从头测序技术，可以获得动物、植物、细菌、真菌的全基因组序列，从而推进该物种的研究。一个物种基因组序列图谱的完成，意味着这个物种学科和产业的新开端！这也将带动这个物种下游一系列研究的开展。全基因组序列图谱完成后，可以构建该物种的基因组数据库，为该物种的后基因组学研究搭建一个高效的平台；为后续的基因挖掘、功能验证提供DNA序列信息。华大科技利用新一代高通量测序技术，可以高效、低成本地完成所有物种的基因组序列图谱。

技术优势:

·         高通量测序：效率高，成本低；

·         高深度测序：准确率高；

·         全球领先的基因组组装软件：采用华大基因研究院自主研发的SOAPdenovo软件；

·         经验丰富：华大科技已经成功完成上百个物种的全基因组从头测序。

研究内容:

              基因组组装

              ■ K-mer分析以及基因组大小估计；

              ■ 基因组杂合模拟（出现杂合时使用）；

              ■ 初步组装；

              ■ GC-Depth分布分析；

              ■ 测序深度分析。

              基因组注释

              ■ Repeat注释；

              ■ 基因预测；

              ■ 基因功能注释；

              ■ ncRNA注释。

              动植物进化分析

              ■ 基因家族鉴定（动物TreeFam；植物OrthoMCL）；

              ■ 物种系统发育树构建；

              ■ 物种分歧时间估算（需要标定时间信息）；

              ■ 基因组共线性分析；

              ■ 全基因组复制分析（动物WGAC；植物WGD）。

              微生物高级分析

              ■ 基因组圈图；

              ■ 共线性分析；

              ■ 基因家族分析；

              ■ CRISPR预测；

              ■ 基因岛预测（毒力岛）；

              ■ 前噬菌体预测；

■ 分泌蛋白预测。