宏基因组测序

宏基因组测序是对特定环境样品中的微生物群体基因组（尤其是那些种类众多的难于培养的微生物），进行序列测定和功能基因的发掘，来分微生物群体基因组成及功能，解读微生物群体的多样性与丰度，发觉和研究新的、具有特定功能的基因。目前宏基因组学研究在发现新基因 ，开发新的微生物活性物质，研究微生物群落结构及功能方面得到广泛的应用，宏基因组测序技术为微生物的研究和发展提供了很好的策略。

一、实验流程

1. 样品提取总DNA。

2. 基因组片段化、加测序接头。

3. 琼脂糖凝胶电泳回收合适大小的片段。

4. 完成测序文库的制备，用Illumina Hiseq2500进行测序。

二、数据分析

  1.      测序质量评估

2.      宿主基因组比对与覆盖度read统计

3.      De novo基因组组装拼接

4.      De novo组装拼接性能评估

5.      Unigene预测

6.      Unigene功能注释

7.      微生物种群鉴别分析

8.      微生物种群进化分析

9.      微生物种群差异分析

10.   微生物种群结构分析