1、芯片数据预处理
数据过滤，缺失值的处理，数据标准化，片间归一化。

2、 统计学分析
对于每个实验组有三次以上生物学重复的实验设计，我们应用T检验筛选任意两个实验组之间差异表达的基因。方差分析（ANOVA）则用于从三个以上实验组筛选差异表达的基因。

3、聚类分析
聚类分析根据样本表达谱的相似性将样本划分成不同的组别（见下图，Alizadeh, et al.）。常用的聚类方法有：Hierarchical(层次聚类)、K-means（K均值聚类）、SOM（自组织映设）、QT clustering。

4、 GO分析
GO分析对差异表达基因的生物学功能进行注释，并筛选出在两个实验组之间具有显著差异GO条目（见下图）。GO条目从生物学过程（Biological Process），分子功能（Molecular Function）和亚细胞组分（Cellular Component）三个方面对基因的功能进行分类。

5、 Pathway分析
Pathway分析可以筛选出在两个实验组之间具有显著差异的信号转导通路