一、 芯片聚类分析

二、microRNA靶基因预测

“TargetScanS”， “miRanda (miRBase)”，“miRGen”等数据库预测差异microRNA的所有靶基因。

三、 靶基因GO分析
根据Gene Ontology数据库对靶基因进行功能显著分析，从而筛选显著性功能的靶基因。

四、 靶基因pathway分析
根据KEGG数据库对靶基因进行Pathway分类，并进行显著性分析从而得到显著性的Pathway分类

五、 构建的MicroRNA与基因的调控网络
通过构建MicroRNA与基因的调控网络，可以从中找出hub基因及hub microRNA.

六、 microRNA 、靶基因、转录因子调控网络
microRNA也会受到转录因子调控造成表达差异，通过系统研究转录因子与基因间的调控关系，可以为寻找重要转录因子及重要基因提供线索。