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该分析模块是对基因组预测编码基因后的基因本体功能分析。主要内容包括（1）通过NCBI NR, NT, Ensemble GO 等国际权威数据库识别新基因的功能。（2）结合其他NSAM方案，如比较基因组学的诸多分析方案，获得近源物种的同源基因，得到该当前物种的特有基因和可能参与的新功能，新代谢通路和信号转导通路。如果配合SNP和进化分析，可以获得基因的选择压和进化距离，进而分析该物种的进化起源。（3）比较多物种基因组中基因成分在gene和gene cluster层面上比较多物种基因成分的共性和差异性获得该未知物种不同条件下的转录组数据，分析转录组数据中基因的功能本体。
图 GO生物分子功能注释分析
图 同源基因功能跨物种比较Venn图
图 Pathway 生物分子通路注释（1）
图 Pathway 生物分子通路注释（2）
基因组从头测序（de novo sequencing）是不需要任何参考序列资料即可对某个物种进行测序，用生物信息学分析方法进行拼接、组装，从而获得该物种的基因组序列图谱。利用全基因组从头测序技术，可以获得动物、植物、细菌、真菌的全基因组序列，从而推进该物种的研究，为后续研究物种起源进化及特定环境适应性奠定基础。为该物种的后基因组学研究搭建一个高效的平台；为后续的基因挖掘、功能验证提供DNA序列信息。BioGenius利用新一代高通量测序技术(NGS)，并可联同单分子测序平台(Bionano)高效地完成所有物种的基因组序列图谱。
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