在组成DNA的4个碱基中，胞嘧啶的5位碳原子可以通过甲基转移酶的作用甲基化。 胞嘧啶的甲基化对基因组功能的调控等基因组的各种事件起重要的作用，被视为遗传学上代表性标记。

所甲基化的胞嘧啶以单碱基为单位而分析的方法中有亚硫酸氢盐测序分析。 亚硫酸氢盐测序分析中，将从样品中提取的基因组DNA用亚硫酸氢盐处理一段时间。 此时，胞嘧啶脱氨基后转变成尿嘧啶，但是已经甲基化的胞嘧啶将不被反应而将残留。 因此，通过反应产物的序列，可以区分已甲基化的胞嘧啶和未甲基化胞嘧啶。在此，介绍使用DS3000 Compact CE Sequencer(以下简称DS3000)时的亚硫酸氢盐测序分析实例。 所使用样品为HCT116 细胞株的基因组DNA通过CpG methylase更深度地甲基化的标准样品。 而且将亚硫酸氢盐处理样品在DS3000上进行电泳而获取的碱基序列与亚硫酸氢盐处理之前的序列进行了比较。 结果，存在

于分析区域中的20个已甲基化的胞嘧啶中检测出了19个。