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| HiSeq 3000系统 | HiSeq 4000系统 | |
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| 每个Run的流动槽数量 | 1 | 1 or 2 |
| 数据产生 - 2 × 150 bp | 650–750 Gb | 1300–1500 Gb |
| 数据产生 - 2 × 75 bp | 325–375 Gb | 650–750 Gb |
| 数据产生 - 1 × 50 bp | 105–125 Gb | 210–250 Gb |
| 通过过滤的簇(每个流动槽有8个通道) | 高达25亿条单端read，或50亿条双端reads | 高达50亿条单端read，或100亿条双端reads |
| 质量评分- 在2 × 50 bp时 | ≥ 85%的碱基都高于Q30 | ≥ 85%的碱基都高于Q30 |
| 质量评分- 在2 × 75 bp时 | ≥ 80%的碱基都高于Q30 | ≥ 80%的碱基都高于Q30 |
| 质量评分- 在2 × 150 bp时 | ≥ 75%的碱基都高于Q3 | ≥ 75%的碱基都高于Q3 |
| 每日通量 | > 200 Gb | > 400 Gb |
| 运行时间 | < 1–3.5天 | < 1–3.5天 |
| 每个run的人类基因组* | 高达6 | 高达12 |
| 每个run的外显子组† | 高达48 | 高达96 |
| 每个run的转录组‡ | 高达50 | 高达100 |
安装参数是基于在所支持的簇密度下运行Illumina PhiX对照文库所得 (通过过滤的簇密度是1310–1524 K/mm2 ). 运行时间只对应于测序。根据样本质量、簇密度及其他实验因素的不同，性能可能有所差异。
*Assumes >30× coverage of a human genome.
†Assumes 100× coverage with 80% on target using 2 × 75 bp reads.
‡Assumes 50 million reads per sample.
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