高产出运行模式*
试剂盒参数| HiSeq SBS V4 |
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| 读长 | 1 × 36 bp | 2 × 50 bp | 2 × 100 bp | 2 × 125 bp |
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| 双流动槽 | 128–144 Gb | 360–400 Gb | 720–800 Gb | 900 Gb–1 Tb |
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| 单流动槽 | 64–72 Gb | 180–200 Gb | 360–400 Gb | 450–500 Gb |
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| 双流动槽运行时间 | 29小时 | 2.5天 | 5天 | 6天 |
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| TruSeq SBS V3 |
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| 读长 | 1 × 36 bp | 2 × 50 bp | 2 × 100 bp | 2 × 125 bp |
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| 双流动槽 | 95–105 Gb | 270–300 Gb | 540–600 Gb | N/A |
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| 单流动槽 | 47–52 Gb | 135–150 Gb | 270–300 Gb | N/A |
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| 双流动槽运行时间 | 2天 | 5.5天 | 11天 | N/A |
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附加的试剂盒参数| HiSeq SBS V4 |
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| 流动槽类型 | 双流动槽 | 单流动槽 |
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| 通过过滤的read（每个流动槽有8个通道） | 高达40亿条单端read，或80亿条双端reads | 高达20亿条单端read，或40亿条双端reads |
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| 质量 | 在2 x 50 bp时，超过85%的碱基高于Q30 在2 x 100 bp时，超过80%的碱基高于Q30 在2 x 125 bp时，超过80%的碱基高于Q30
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| TruSeq SBS V3 |
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| 流动槽类型 | 双流动槽 | 单流动槽 |
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| 通过过滤的read（每个流动槽有8个通道） | 高达30亿条单端read，或60亿条双端reads | 高达15亿条单端read，或30亿条双端reads |
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| 质量 | |
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*安装参数是根据在所支持的簇密度下运行Illumina PhiX对照文库所得（利用TruSeq v3试剂盒，通过过滤的簇密度是610–678 K/mm2，利用HiSeq v4，通过过滤的簇密度是870–930 K/mm2。高产出模式的运行时间只对应于测序本身。根据样本质量、簇密度及其他实验因素的不同，性能可能会有所差异。
快速运行模式†
试剂盒参数| HiSeq Rapid SBS Kit V2 |
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| 读长 | 1 × 36 bp | 2 × 50 bp | 2 × 100 bp | 2 × 150 bp | 2 × 250 bp |
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| 双流动槽 | 18–22 Gb | 50–60 Gb | 100–120 Gb | 150–180 Gb | 250–300 Gb |
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| 单流动槽 | 9–11 Gb | 25–30 Gb | 50–60 Gb | 75–90 Gb | 125–150 Gb |
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| 双流动槽运行时间 | 7小时 | 16小时 | 27小时 | 40小时 | 60小时 |
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附加的试剂盒参数| HiSeq Rapid SBS Kit V2 |
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| 流动槽类型 | 双流动槽 | 单流动槽 |
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| 通过过滤的read（每个流动槽有2个通道） | 高达6亿条单端read，或12亿条双端read | 高达3亿条单端read，或6亿条双端read |
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| 质量 | 在2 x 50 bp时，超过85%的碱基高于Q30 在2 x 100 bp时，超过80%的碱基高于Q30 在2 x 250 bp时，超过75%的碱基高于Q30
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† 安装参数是基于在所支持的簇密度下运行Illumina PhiX对照文库所得（利用HiSeq Rapid v2 Kit，通过过滤的簇密度是700–820 K/mm2。高产出模式的运行时间只对应于仪器上簇生成（1.5小时）和测序。根据样本质量、簇密度及其他实验因素的不同，性能可能有所差异。早期的HiSeq 2000仪器在升级到HiSeq 2500后，运行速度略微减慢。
HiSeq系列
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