重组蛋白表达纯化产物的分析过程，特别是重组蛋白品的研发和工艺建立过程，需要对蛋白的N端和C端序列进行确认。百泰派克公司应用现有的质谱技术平台，开发出以质谱为基础的蛋白N端序列和C端序列测序技术，一次实验可以同时完成蛋白N端序列和C端序列的测定。以质谱为基础的N端测序技术可以实现对N端封闭和PEG化蛋白的序列测定，与Edman测序形成互补。此分析可以用于确认重组蛋白是否得到完整表达，检测重组蛋白表达过程是否发生断裂，以及重组蛋白N端和C端序列是否发生修饰。