多肽是由一系列氨基酸组成的化合物分子。它们与蛋白质结构类似，在血压调节，痛觉缺失，葡萄糖代谢等生理过程中均有重要作用。但多肽的大小远比蛋白质要小。内源多肽多是由前体蛋白经过各种加工酶的裂解生成。在特定生理条件下对所有表达的多肽进行的研究，称为多肽组学（peptidomics）。

多肽鉴定的目的是为了实现“Peptide-Spectrum Matches”，简而言之，对多肽的序列信息进行检测，从而获取多肽的序列或翻译后修饰信息。串联质谱技术在多肽鉴定中，应用非常广泛。串联质谱结合生物信息学分析是鸟枪蛋白质组学实验中多肽测序的主流技术。多数试验方法都是将实验中测定到的光谱数据与蛋白数据库中理论序列推测的数据进行比对。然而，将未知序列，也就是未知理论序列数据的蛋白，与蛋白数据库中的数据进行比对，是目前研究的一个热点方向。

多肽鉴定流程