涡动协方差系统可以测量显热通量、潜热通量、动量通量、摩擦风速,以及其它物质通量(如CO2等)。涡度协方差系统可以应用在边界层理论研究、大气扩散、能量收支研究、水分及其它物质收支研究等众多领域。根据仪器配置的不同,涡动协方差系统可以分为开路涡动协方差系统和闭路涡动协方差系统。