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分析测试百科网讯 在近日召开的第十六届人类蛋白质组学年度世界大会（HUPO）上，布鲁克介绍了用于PASEF质谱法的 timsTOF Pro系统，其使用专有的捕获离子迁移谱（TIMS）技术，实现了出色的单次肽和蛋白质鉴定性能，具有更高速、更高灵敏度和强大的高通量蛋白质组学分析能力。
新的timsTOF Pro质谱也有利于定量蛋白质组学工作流程，因为这种创新的TIMS-powered的四极杆飞行时间质谱仪（QTOF-MS）由MaxQuant/Perseus和PEAKS Studio蛋白质组学分析软件支持。
timsTOF Pro质谱
独特的前端TIMS分析仪针对更高速度的霰弹蛋白质组学进行了优化，能从较小样品量中获得突出识别性能。其独特的双TIMS几何形状允许在第一个TIMS部分中并行累积，并且在实时执行额外的TIMS分离步骤之后，离子从第二个TIMS部分释放出来，用于MS / MS碎裂。这致使近乎100％的占空比，使这种平行堆积和连续碎裂（PASEF）技术在酶促消化的蛋白质混合物的可重复纳流LC-MS分析中具有前所未有的性能。
PASEF能力代表了性能的改进，因为它提供更高灵敏度和更高速度的霰弹蛋白质组学，而不损失质量分辨率。PASEF消除了这些临界限制，对于高灵敏度的近100％的占空比，同时保持两个前体的超高质量分辨率和产物离子。利用双TIMS技术的这一重要PASEF功能为科学家们提供了深入研究复杂生物学和发现低水平生物学重要蛋白质的潜力的工具，或临床蛋白质组学研究中进行纵向研究。
定量蛋白质组学是蛋白质组学研究的一个关键领域，双TIMS-powered的PASEF提供的固有优势超过门控、串联时间和基于FT的MS分析仪局限性。新的timsTOF Pro提供超过四个数量级的具有低肽负载（100-200ng）的动态肽，使其适用于小细胞群体的蛋白质组学和生物临床研究中经常遇到的低样本量。
德国 Max Planck 生物化学研究所蛋白质组学和信号转导系主任Matthias Mann 说：“我的实验室与布鲁克合作开发PASEF技术，我们很高兴看到timsTOF Pro实现了我们zei初设想的霰弹蛋白质组学的潜力。这种新技术有可能革新蛋白质组学的几个领域：需要增加灵敏度的应用，例如富含磷酸肽的样品或数量有限、可用于分析的细胞；对使用等压标签的定量实验，其中附加分离捕获的离子迁移率至少能部分去除由所谓的比例压缩效应导致来自于共分裂物质的不可接受的误差的干扰。我们对技术进一步发展的潜力感到非常兴奋。”
布鲁克道尔顿Omics解决方案副总裁Gary Kruppa说：“蛋白质组学研究人员总是希望提高速度，灵敏度和定量能力，同时保持高分辨率、准确的质量和同位素图案保真度的优势，从而可以深入蛋白质组学。使用PASEF，科学家们现在无需权衡分辨率，他们可以通过TIMS前体离子选择具有高灵敏度，高扫描速度和无与伦比的特异性三重效果。这些特点的结合超出了非TIMS质谱仪的性能范围，这为发现低水平生物相关蛋白质的激动人心提供了可能。”
Max Planck 生物化学研究所计算系统生物化学小组组长Juergen Cox评论说：“布鲁克决定采用开放文件格式，以便我们可以直接使用原始数据，这将有利于使用MaxQuant和Perseus的蛋白质组学研究人员。 我们对数据质量印象深刻，并期待与布鲁克共同支持客户的合作，通过zei先进的软件对使用PASEF的timsTOF Pro采集的数据进行分析和统计询问。”
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