中检集团云南公司共设有6个职能部门，分别为：行政管理部、财务部、检验鉴定部、审核部、市场部、客户服务部;4个分公司，分别为：红河分公司、河口分公司、版纳分公司、勐腊分公司。并在检验鉴定部下设了2个办事处，分别为：机场办事处和车站办事处。