技术中心内设综合业务室、化矿金检验实验室、食品检验实验室、动植物检检验检疫实验室和轻纺包装检验实验室。拥有国家棉花检测重点实验室、国家番茄制品检测重点实验室，国家中亚地区动物疫病疫情检测重点实验室、国家煤化工检测重点实验室和国家新疆果品检疫鉴定重点实验室等5个国家检测重点实验室，以及金属及金属材料检测、包装检测等2个区域性中心实验室。