中心设综合业务室、生物实验室和化学实验室。综合业务室负责检测样品接收、检测报告发放及档案整理工作;生物检测室负责食品微生物、生物毒素、寄生虫卵检测等业务;化学检测室负责食品常规理化、农兽药残留、食品添加剂、重金属及工业品检测等业务。2007年10月，威海市政府依托中心成立了威海市农副产品检测中心，由此中心进一步加强了对地方的服务。