目前重点实验室共由10个研究组组成，固定人员共47名，有中科院院士1名，研究员9名，包括青年千人计划1人，百人计划2人，特聘研究员1人，特别引进人才1人;副研究员7名，其中2名为微生物所的青年课题组长;高级工程师2名。

　　微生物代谢工程与生物催化剂开发研究组

　　组长：陶 勇，研究员

　　工业微生物分子生理学和系统生物技术研究组

　　组长：李　寅，研究员

　　酵母菌分子遗传与育种研究组

　　组长：张博润，研究员

　　微生物代谢工程与系统生物学研究组

　　组长：温廷益，研究员

　　微生物代谢调控与代谢工程研究组

　　组长：丁久元，研究员

　　蛋白质工程与酶应用研究组

　　组长：唐双焱 研究员

　　合成生物学新方法开发和应用研究组

　　组长：娄春波 研究员

　　蛋白质结构与功能研究组

　　组长：严景华 研究员

　　细菌脂肪酸代谢的调控和应用研究组

　　青年研究组长：朱　坤，副研究员

　　极端微生物与工业合成生物技术研究组

　　青年研究组长：于　波，副研究员