水文水资源研究所开设了9门本科生专业基础课及专业课，包括《水文学原理与应用》、《水资源基础》、《水资源规划》、《环境水利》、《灌溉与排水》、《水资源系统工程》、《预测方法及应用》等；4门研究生课程，包括《高等水文学》、《多孔介质流体动力学及其应用》、《现代水资源规划》、《宏观决策与决策支持系统》；并承担本科生实习、综合论文训练及有关的继续教育任务。