通过对12个基础医学学科的实验课进行有机重组、整合和改革，形成了机能（生理学、药理学和病理生理学）、形态（解剖学、组织与胚胎学、病理学）、生物化学与分子生物学、病原与免疫（微生物学、寄生虫学和免疫学）、细胞生物与遗传（细胞生物学和遗传学）五个实验模块，基础性实验、综合性实验、研究性实验三个层次构成的具有北京大学特色的基础医学实验教学体系。为促进医学生知识、能力、素质的协调发展，特别是创新能力的提高提供了良好平台。目前中心已经成为培养创新人才的重要基地、基础医学教学改革的重要支柱。