下水资源与环境理教育部重点实验室依托吉林大学建设，根据教育部有关文件通知，地下水资源与环境实验室被批准为2010年度立项建设的教育部重点实验室。地下水资源与环境教育部重点实验室立足东北，面向全国，重点实验室充分利用、整合地下水科学与工程、环境科学与工程等多学科优势，研究地下水资源及与地下水有关的环境与生态问题，具体的研究方向包括：地下水资源可持续开发；地下水土环境污染的控制与修复；资源开发与废物处置的地下水环境问题。从资源属性和环境属性研究地下水，使地下水科学与工程学科和环境科学与工程学科有机地交叉融合，在现有实验室的基础上，建设跨学科的研究实验室。