目前主要是要加强基础设施建设，健全大型低温系统实验室、小型低温与超导实验室、低温自动控制实验室和超导技术应用实验室；要把研究所建成实验基地，主要用于学生的培养、基础性研究和国家重点科研项目的实验支持，把基础打好；借助“985工程”二期、“十一五”中长期规划和国家实验室的大平台，重点研究老工业基地改造的液化天然气技术，以及超导射频技术。超导加速器是当前加速器领域的发展、应用热点，已成为新一代同步辐射光源、高平均功率自由电子激光器、散裂中子源、放射性核束、高能直线对撞机以及加速器驱动能源等当代先进大型科学工程中的关键组成部分，在当今基础科学研究领域如生命科学、材料科学、物理、化学、医药等和国防科技上都具有重要的应用前景，是国际科技协作攻关的重大科学技术前沿，是超导射频技术在加速器领域中应用的最有成效的成果。目前，研究所正在与北大等单位进行接洽，准备联合成立中国的超导加速器研制中心；并已经承担了北京大学超导加速器装置2K极低温系统研制的概念设计工作。