上海市环境监测中心拥有完善的管理体系。拥有国家级实验室资质认定(计量认证)资质和中国合格评定国家实验室认可资质。此外，上海市环境监测中心也是国家环境标准样品协作定值实验室、国家有机产品检测机构、上海市安全卫生优质农产品检测机构、中国绿色食品定点监测机构、方圆标志产品质量认证检验实验室、上海市民用建筑工程室内环境质量检测实验室。