实验室的主要研究方向是：探讨环境因子、特别是人类活动对淡水生态系统的结构与功能的影响,揭示水体污染的机制、危害并提出防治对策,为淡水资源的保护和持续利用提供理论基础;开发生物技术，致力于与鱼类基因工程和细胞工程相关的遗传学和发育生物学研究,探讨建立新型、高效、健康和持续发展的渔业模式。依据战略定位、研究方向和发展目标，围绕近期国际上相关学科的发展和国家对水污染控制与治理以及渔业可持续发展的重大需求，实验室现已设立了湖泊生态学、渔业生态学、水质管理与生态毒理、鱼类基因工程、鱼类发育与细胞工程和藻类生物技术六个研究团队。