农业生态环境问题成为我国农业发展的制约因素，人们已认识到农业面源污染所带来的危害。以南京农业大学微生物学科、农业工程和测试中心为基础，组建农业环境微生物工程重点实验室，为南京农业大学重点建设的实验室。2001年创建以来进行了农业环境微生物工程的应用基础研究，并运用现代微生物学及分子生物学的手段进行农业生态环境的保护、农业源性污染的治理、修复及相关微生物资源的开发利用，为农业环境微生物保护提供技术支撑。