实验室拥有亚洲最大的植物标本馆以及12个专业实验室，包括化石分析室、结构植物学室、细胞学室、蛋白质分析实验室、生物信息室、组培室和实验 温室等。主要大型仪器有扫描电子显微镜、荧光万能显微镜、AB3730xl基因分析仪、超速离心机、实时定量PCR仪、双向电泳系统、分子成像系统、蛋白 纯化系统、大型计算机集群等。

　　系统与进化植物学国家重点实验室是我国进化生物学研究的重要基地和人才培养基地，其目标是成为该领域在国际上具有重要影响的实验室。