医学免疫学国家重点实验室是在中国人民解放军第二军医大学免疫学研究所的基础上建立起来的，2006年5月通过专家论证开始建设以来，严格按照国家重点实验室建设和管理的要求以及重点实验室建设计划任务书设定的建设内容进行了建设，并取得了多方面的重要进展。目前实验室是国家级重点免疫学科，是国家自然科学基金优秀创新团队基金的承担者(2001年获得，2004年和2007年评估优秀，两次获得延续资助)，是中国免疫学会理事长单位。实验室学术委员会主任为军事医学科学院基础医学研究所免疫研究室主任沈倍奋院士，实验室主任为曹雪涛院士。