安徽省分子医学重点实验室于2002年12月由安徽省科学技术厅正式批准成立。实验室在中国科学技术大学生命科学学院建立了中心实验室，在安徽医科大学附属医院、安徽省立医院和安徽安科生物工程股份有限公司等三家共建单位建立了“神经退行性疾病临床研究室”、“分子医学临床研究中心”和“医药生物技术研发中心”等三个专业研究实验室。