中心设有国家质检总局内蒙古食品检测中心实验室、内蒙古植物检疫中心实验室、内蒙古绒毛纺织品检测中心实验室等三个区域性实验室，内蒙古自治区动植物检疫重点实验室，2010年又获准筹建国家级乳与乳制品检测重点实验室。