研究所建有农业部淡水渔业健康养殖技术重点实验室、浙江省鱼类健康与营养重点实验室、中国水产科学研究院鱼病研究室(鱼类免疫与健康重点开放实验室)、农业部 新渔药临床试验基地、国家级罗氏沼虾遗传育种中心、国家级罗氏沼虾良种场等。

　　拥有鱼病研究室、增养殖研究室、水产种质与资源研究室、渔业环境监测站、发展战略研究室等5个研究室。

　　组建了4个服务产业发展的相关成果中试及转化基地：罗氏沼虾遗传育种中心(浙江南太湖淡水水产种业有限公司)、水产新品种繁育试 验基地(湖州浙北水产新品种繁育技术开发有限公司)、浙江省淡水水产研究所特种水产苗种基地及新渔药研发中心(浙江省淡水水产研究所渔药厂)等。