SDQI建有三大实验基地，实验室面积4.7万平方米，新建实验室基地位于济南市东部，占地120余亩，拥有四座检测大楼和一个节能生态楼， 并建有用于食品安全研究的种植大棚，实验室建设水平在国内处于领先地位，配备有气质联用仪、液质联用仪、200kA通断试验系统、兰光透湿性测试仪、全自动致病菌鉴定仪在内的各类检测仪器近5000台(套)，总价值过亿元，设备硬件方面处于国内一流，国际先进的水平。