科技部高技术研究发展中心是首批改建的国家科技计划项目管理专业机构。自启动改建工作以来，中心领导班子把建立科技计划项目管理与服务质量管理体系作为重点改建任务来抓，组织业务专门成立“高技术中心质量管理体系工作小组”，制定了工作方案，推动贯彻标准各项工作。根据质量管理体系认证要求，科技部高技术中心开展全员质量管理培训，建立了内审员队伍，按照《科技部高技术中心专业机构改建方案》，采用ISO9001:2015，研究制定和发布实施了《高技术中心质量手册》和《中心质量管理作业指导书》等60余项质量管理制度文件，建立了高技术中心科技计划项目管理与服务质量管理体系。通过建立和运行质量管理体系，提升了科技部高技术中心的国家科技计划重点专项管理的质量管理意识、水平和能力，提升了高技术中心专业机构管理的标准化、规范化和科学化水平及风险防控能力。
近期，科技部高技术研究发展中心通过了GB/T 19001-2016/ISO9001:2015质量管理体系认证，获得了质量管理体系认证证书。经过认证公司的培训和考试，中心26名业务骨干获得了内审员资质证书。
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