1.毛细管类型--涂层还是非涂层？
2.毛细管长度--长毛细管还是短毛细管？
3.缓冲液体系--种类和pH值
可先用磷酸缓冲体系为搜寻基础，初步确定（最佳）pH范围后，再进一步细选出更好pH和缓冲试剂。磷酸盐是毛细管电泳中最常用的缓冲体系之一，它的紫外吸收低，pH缓冲范围比较宽（pH=1.5～13），但电导也比较大。
研究经验表明：对于蛋白质、肽和氨基酸等两性样品，采用酸性（pH 2）或碱性（pH＞9）分离条件，比较容易得到好的分离结果；糖类样品通常在pH=9～11之间能获得最佳分离；羧酸或其他样品多在pH=5～9之间选择分离条件。
pH 的选择也和所用的毛细管种类有关，许多涂层毛细管只能在一定的pH范围内工作，例如聚丙烯酰胺涂层毛细管，在3＜pH＜8的范围以外工作，其涂层容易水解失效。
在相同的 pH下，不同缓冲体系的分离效果不尽相同，有的可能相差甚远。一般的经验是，能与样品发生相互作用的试剂，有可能就是最好的试剂。一个典型的例子是，在分离糖类和DNA等分子时优先使用硼酸盐缓冲体系，因为硼酸根能与糖羟基形成配位键，从而增加糖的负电荷和分离度。硼酸缓冲试剂也适用于其他含邻位羟基或多羟基化合物的分离。
缓冲试剂及pH调节剂的浓度也需要优化。缓冲试剂的浓度一般控制在10～200 mmol/L之间。电导率高的缓冲试剂如磷酸盐和硼砂等，其浓度多控制在20 mmol/L附近，而电导小的试剂如硼酸及HEPES等，其浓度可在100 mmol/L以上。有时为了抑制蛋白质吸附等特殊目的，可采用很高（＞0.5mol/L）的试剂浓度，此时要注意减少分离电压，分析速度自然也将随之降低。
4.添加剂类型--甲醇、环糊精、乙腈
（1）添加剂的目的：
a改善分离；
b抑制分析物在毛细管上的吸附。
（2）添加剂的选择：
a甲醇、乙腈（百分之五到百分之五十）：
?降低电渗流，增加分离有效距离，从而改善分离效果；
?增加非极性物质的水溶性。
b环糊精、SDS等表面活性剂：
?增加分离选择性，提高分析效果；
?降低电渗流，增加分离有效距离，从而改善分离效果。
c非极性高分子聚合物：
?掩蔽毛细管内壁电荷，抑制分子吸附；
?降低电渗流；
?形成一定的分子筛，提高分子大小选择性。
5.检测器选择--紫外、二极管阵列、激光诱导荧光
CE检测器种类及性能如下图：
CE检测
小分子检测
（1）有紫外吸收：首先选择二极管阵列检测器或紫外检测器；
（2）无紫外吸收：可以衍生化的，可以采用自外衍生的方法再用紫外检测器检测，如氨基酸、还原性糖等；不可以衍生化的，可采用间接紫外法用紫外检测器检测，也可以尝试电化学检测器；
（3）有荧光或需要高灵敏度检测的可采用LIF检测器
（4）需要测定结构或者难以用光学检测器检测的，可以考虑质谱检测
大分子检测
（1）蛋白、核酸：
?可以首先选择紫外检测器；
?如果需要高灵敏度检测可以采用柱前或者柱上衍生的方法标记荧光，然后用LIF检测；
?如果需要特异性检测，可使用特异性荧光探针，标记后再LIF检测；
?需要测定分子量或氨基酸序列，可采用质谱检测；
（2）多糖：
?含量较高的多糖可以采用末端吸收法以紫外检测器检测；
?含量较低的还原性多糖可用衍生试剂标记后以LIF、UV的方式检测；
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