对于多数薄膜SEM 和AFM 都可以扫描出相似的图像,它们一个共同的应用就是观测随着沉积参数的变化(例如温度、压力、时间等)而引起的形态变化。许多样品用SEM和AFM 都可以扫描出相似的表面结构的图像。然而,对于这个试样上可以获得的其他信息,SEM 和AFM 是不同的,AFM 可以将测量到的试样X、Y、Z 三个方向的特征,用于计算样品凹凸的变化以及由于沉积参数的不同试样表面面积的变化。对于SEM,一次可以在比较大的视域内(几毫米)采集到表面结构的变化,而AFM 最多可以观察到100μm×100μm 范围内的变化。另外,利用两种不同的技术采集到的图像在高度上的解释稍有不同。在SEM 图像,由于电荷在斜面会增加电子在试样表面的发射,所以表现在图像上会产生更高的强度,然而有时很难确定它是向上倾斜还是向下倾斜。而AFM 的测量数据包含了高度的信息,因此可以直截了当地确定扫描部分是凸起还是下凹。
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