我国地域辽阔，水资源丰富，水质因地域的不同而差异很大。如果原水是井水，则有机物负荷不会很大；如果是地表水(湖水、河水)，可能含有较高水平的有机物，并且有机物的组成和数量可能受季节变化影响；市政供水(自来水)通常是经过氯处理的，在去除氯之前，其中微生物的含量是比较低的，并且其生长通常是受到抑制的。通常情况下系统的配置方式根据地域和水源的不同而不同，纯化水制备系统应根据不同的原水水质情况进行分析与计算，然后配置相应的组件来依次把各指标处理到允许的范围之内。一般情况下，目前在国内去离子水制备系统的主要配置方式如下图所示
这里需要提及一点的是，原水水质应达到饮用水标准，方可作为纯水或超纯水或纯化水的起始用水，如果原水达不到饮用水标准，那么就要将原水首先处理到饮用水的标准，再进一步处理成为符合工业生产要求的纯水，超纯水以用符合药典要求的纯化水。纯化水系统需要定期的消毒和水质的监测来确保所有使用点的水符合药典对的要求。
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