传统电泳仪的局限性在于两端电压达到一定值时，会在电解质离子流中产生自热，引起粘度和速度的梯度，导致区带较宽，分离效率降低。高效毛细管电泳仪（HPCE）是在散热效率极高的毛细管内进行样品分离，操作简单，分析速度快，进样较其它分离方法少，仅需几微升，灵敏度高，成本相对低，可反复使用毛细管和可自行配制缓冲液。
自上世纪八十年代以来，HPCE发展迅速，是当今分析化学和生物医药学公认的前沿。HPCE在无机离子分离方面无以伦比的能力，使IC黯然失色。HPCE分离有机分子和药物分子，特别是手性分子和生物大分子方面的能力，对HPLC地位提出了严峻挑战。
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