石英亚沸纯水蒸馏水器的取样点为之后的纯化水检测提供数据基础更精确，在取样之前应该让取样点有纯水排出之后等水稳定，等到水流稳定之后方可取样，这样可以避免纯化水受污染。该仪器利用高压使水分子通过反渗透膜，所以当机器运行时，总是有废水的。废水的设计是纯水的1-3倍，当然有多有少，主要与原水的水压有关，当然废水是可以利用的，可以用桶接起来，当然也可直接接入下水道。
新仪器应进行清洗后使用，并经过二小时以上的通电蒸发，使用内部清洁，再正式使用，以保证水质符合要求。
石英亚沸纯水蒸馏水器需要每天使用过后，应洗刷内部一次，且将存水排尽，更换新鲜水，以免产生的水圬降低水质，影响使用效果。
其电气部分应定期进行检查。
其发热元件是采用浸入式电热管。它的构造以镍铬合金为发热为主体，埋藏在紫铜管的中心，四周用氧化镁灌封作为绝缘。因此一旦断水，发出的热量不能杯水吸收，将使紫铜管护套破裂烧毁，因此必须浸没在水中使用。
水源中杂质经过蒸发将被遗留下来，特别是自来水水质较差且未经过处理时，经过蒸发后，锅内将留有沉淀物凝结在锅壁、电热管表面、冷凝器外壳的内壁，冷凝器外壁回水管等地方，不仅阻碍了水路的畅通，而且，影响冷凝管效果，以至减少产水量；对电热管来说，也将使它的热量积聚起而缩短了它的使用寿命。
因此水圬宜经常加以清除，清除方法，可用毛刷先进行洗刷表面一层污垢，然后视污垢的组合情况，使用弱酸或弱碱液进行清洗。在进行洗刷时请注意，切勿用力过猛以至损坏零部件。
用户如遇维修而自行更换电热管时，接头处热圈必须垫寸完好，保证不漏水，否则会造成电热管的关部因附着水滴而在通电时将绝缘击穿。各线头连续处将螺帽旋紧，以免通电后产生火花，烧坏电热管头部。
该仪器必须由专人负责操作，调换新操作人员时必须详细交代清楚。
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