电镜下的双重免疫标记染色不是靠颜色区分，而是靠标记物的不同电子密度或颗粒的不同大小来区别不同抗原，有别于光镜下的双重免疫标记方法。
多采用双重免疫金标记，其最大优点是高电子密度、分辨率高、抗原定位精确、颗粒大小可人工控制、标记试剂易制备。但也存在一些不足，如非特异吸附干扰大（背景）、对所用试剂质量要求较高等。
类型有直接法、间接法（异种动物抗体或同种动物抗体）之分。双面染色，分步固定。标记用的胶体金颗粒，直径常采用5nm和15nm组合，标记不同类别抗体（特异性一抗——直接法，间接抗体——间接法）。
应用直接法进行多标，简便、快速、准确、效果佳，尤多用于细胞表面抗原的双重或多重标记。
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