基本方案
实验方法原理 | |
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实验材料 | 纯化的 mRNA 显示蛋白 |
试剂、试剂盒 | NaOH HCl NaCl MgCl2 乙醇 1-丁醇 苯酚 氯仿 异戊醇 EDTA PCR 缓冲液 ATP 琼脂糖 ATP-适配体筛选结合缓冲液 ATP-适配体筛选洗脱缓冲液 鲑精 DNA BSA 3'引物 5'引物 Taq DNA 聚合酶 |
仪器、耗材 | 凝胶过滤柱 |
实验步骤 |
实验所需「材料」、「试剂」、「耗材」具体见「其他」 1. 用 1 ml 去离子水洗涤 10 mg ATP-琼脂糖三次,然后用 1 ml ATP-适配体筛选结合缓冲液洗涤两次。 2. 取 1 ml 所得的纯化的 mRNA 显示蛋白与洗过的 ATP-琼脂糖于 4°C 下 旋转混合孵育 1 h。然后滴干,准备过柱。 3. 于 4°C 用 1000 ml ATP-适配体筛选结合缓冲液洗涤 6 次,每次洗涤 10 min。 4. 用 250 ul ATP-适配体筛选洗脱液于 4°C 下洗脱 6 次,每次洗脱 10 min。 5. 用闪烁计数法检测所有组分。 6. 往 1.5 ml 洗脱下的 mRNA 显示蛋白中加入 200 ul 100 mmol/L EDTA 和 200 ul 1 mol/L NaOH,于 90°C 加热 10 min, 冰上冷却,然后加入 200 ul 1 mol/L HCl。 7. 参照厂家的说明用 NAP-25 凝胶过滤将缓冲液置换为去离子水。 8. 使 25 ml 去离子水流过柱子。 9. 将 200 ul 10 mg/ml 鲑精 DNA 与 20 ul 1 mg/ml BSA 加入 1780 ul去离子水中,涡旋振荡,然后使此溶液流过凝胶过滤柱。 10. 使 25 ml 去离子水流过柱子进行洗涤。 11. 测量样品体积并流过柱子,然后往柱中加入一定体积的去离子水,使得上柱总体积为 2.5 ml。 12. 加入 3.5 ml 去离子水到凝胶过滤柱的顶端,然后从柱底收集 3.5 ml 流出的洗脱液。 13. 用 PCR 扩增筛选的序列。在冰上配制下列 PCR 反应混合物: 3500 ul 筛选的 cDNA 库(来自步骤 12) 100 ul 100 umol/L 3' 引物(最终为 2 umol/L) 100 ul 100 umol/L 5' 引物(最终为 2 mmol/L) 40 ul 25 mmol/L (每个)脱氧核苷三磷酸(最终为 0.2 mmol/L) 500 ul 10×PCR 缓冲液,含 15 mmol/L MgCl2 (最终为 1×) 735 ul 水 25 ul 5 U/ul Taq DNA 聚合酶 总体积 5000 ul 循环数、温度和每一循环所需时间需要视所用的特定的库而定。应当对 DNA 库的 PCR 扩增监控,避免 DNA 库的过度扩增,因为(过度的扩增使得 DNA 库)一旦变性后不会再复性。如果对一个变性的 DNA 库继续进行 PCR 扩增,极少的序列能达到普通序列的扩增程度,这会降低所筛选的功能序列的富集因子。 14. 与上述 PCR 并行进行一份非 RT 的对照 PCR。 15. 按照 1:1 等量摩尔数加入 100 mmol/L EDTA 以螯合 Mg2+。 16. 加入等体积的 25:24:1 (V/V/V) 苯酚/氯仿/异戊醇到 PCR 反应混合物中,涡旋振荡,室温下于 10 000 g 离心 1 min。吸取上层水相保留。 17. 用等体积的氯仿重新抽提水相 3 次;每次通过离心分层,离心后弃下层有机相。 18. 用 1-丁醇抽提水相至起始体积的 20%,弃上层 1-丁醇相。 19. 加入 3 mol/L NaCl 至终浓度为 300 mmol/L (在计算浓度时应包含来自 PCR 缓冲液的盐浓度)和 2.5 倍体积的 100% 乙醇。 20. 于 -80°C 冷冻 20 min 或于 -20 ℃ 放置过夜。4°C 下 12 000 g 离心 10 min。弃上清。 21. 沉淀于 12 000 g 离心 1 min, 用塑料吸头吸去残留的上清,溶解于 30 mmol/L NaCl, 用琼脂糖凝胶测量其浓度。 22. 重复筛选/扩增循环直至所得的 mRNA 显示蛋白在选择组分中的比例不再提高为止,通常需 8~12 个循环。 23. 将 DNA 转录成 RNA。
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注意事项 | |
其他 |
1. 材料 纯化的 mRNA 显示蛋白 2. 试剂 ATP 琼脂糖(Sigma) ATP-适配体筛选结合缓冲液 ATP-适配体筛选洗脱缓冲液 100 mmol/L EDTA 1 mol/L NaOH 1 mol/L HCl 10 mg/ml 鲑精 DNA 1 mg/ml BSA 100 umol/L 3'引物(cDNA 库特异的) 100 umol/L 5'引物(cDNA 库特异的) 25 mmol/L (每个)脱氧核苷三磷酸 10×PCR 缓冲液,含 15 mmol/L MgCl2 (Boehringer Mannheim) 5 U/ul Taq DNA 聚合酶(Boehringer Mannheim) 25:24:1 (V/V/V) 苯酚/氯仿/异戊醇 氯仿 1-丁醇 3 mol/L NaCl 100% 乙醇 3. 耗材 凝胶过滤柱(如 NAP-25,Amersham Pharmacia Biotech)
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