异常的色谱峰指的是色谱图中的无峰或出现负峰、宽峰、双峰、肩峰、峰形不对称等情况。一般来说，异常峰是实验工作中较为棘手的问题。异常峰的出现会影响色谱分析的结果。通常情况下，峰型问题是由分离系统所决定的。在做液相过程中，我们就是要变换不同的条件来改善不好的峰型，对于各种各样的异常峰，要区别对待，从主要问题出发，一个一个加以解决。
1.色谱图中未出峰
系统未进样或样品分解;泵未输液或流动相使用不正确;检测器设置不正确
2.一个峰或几个峰是负峰
流动相吸收本底高;进样过程中进入空气;样品组分的吸收低于流动相。
3.所有峰均为负峰
信号电缆接反或检测器输出极性设置颠倒;光学装置尚未达到平衡。
4.所有峰均为宽峰
系统未达到平衡;溶解样品的溶剂极性比流动相差很多;色谱柱尺寸及类型选择不正确;色谱柱或保护柱被污染或柱效降低;温度变化造成的影响。
5.所出峰比预想的小
样品黏度过大;进样品故障或进样体积误差;检测器设置不正确.定量环体积不正确;检测池污染;检测器灯出现问题。
6.出现双峰或肩峰
进样量过大;样品浓度过高;保护柱或色谱柱柱头堵塞;保护拄或色谱柱污染或失效;柱塌陷或形成短通道。
7.前伸峰
进样量或样品浓度高，溶解样品的溶剂较流动相极性强;保护柱或色谱柱污染或失效。
①柱温低：升高柱温;②样品溶剂选择不恰当：使用流动相作为样品溶剂;③样品过载：降低样品含量;④色谱柱损坏：更换柱子。
8.拖尾峰
柱超载，降低样品量;增加柱直径采用较高容量的固定相;峰干扰，对样品进行清洁过滤;调整流动相;硅羟基作用，加入三乙胺，用碱致钝化柱增加缓冲液或盐的浓度降低流动相pH值;柱内烧结不锈钢失效，更换烧结不锈钢;加在线过滤器，对样品进行过滤;死体积或柱外体积过大，将连接点降至谷值;尽可能使用内径较细的连接管;柱效下降，更换柱子;采用保护柱，对柱子进行再生。
9.出现平头峰
检测器设置不正确;进样体积太大或样品浓度太高。
10.出现鬼峰
进样阀残余峰，可能为上次样品的残余。在每次进完样后用充足的时间来平衡和清洗系统;样品中存在未知物，改进样品的预处理;流动相污染，更换新流动相，尽可能现配现用，隔夜的流动相再次使用时要过滤;尽可能使用HPLC级试剂;流路中有小的气泡，打开Purge阀，加大流速排除。
11.峰分叉
①保护柱或分析柱污染：取下保护柱再进行分析,如果必要更换保护柱。如果分析柱阻塞,拆下来清洗。如果问题仍然存在,可能是柱子被强保留物质污染,运用适当的再生措施。如果问题仍然存在,入口可能被阻塞,更换筛板或更换色谱柱。②样品溶剂不溶于流动相改变样品溶剂,如果可能采取流动相作为样品溶剂。
12.峰变形
样品过载，减少样品载量。
13.早出的峰变形
样品溶剂选择不恰当 ①减少进样体积 ②运用低极性样品溶剂
14.早出的峰拖尾程度大于晚出的峰
柱外效应 ①调整系统连接(使用更短、内径更小的管路) ②使用小体积的流通池
15.酸性或碱性化合物的峰拖尾
缓冲不合适①使用浓度50～100 mM的缓冲液②使用Pka等于流动相pH值的缓冲液
16.额外的峰
(1)样品中有其他组分：正常现象;
(2)前一次进样的洗脱峰：①增加运行时间或梯度斜率②提高流速;
(3)空位或鬼峰：①检查流动相是否纯净 ②使用流动相作为样品溶剂 ③减少进样体积。
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