原子吸收分光光度法是基于基态原子对共振光的吸收：而原子荧光光度是处于激发态原子向基态跃迁，并以光辐射形式失去能量而回到基态。
而且这个激发态是基态原子对共振光吸收而跃迁得来的。因此，原子荧光包含了两个过程：吸收和发射。
色散系统：较之原子吸收荧光谱线更少，光谱干扰也少，所以可以用低分辨力的分光系统甚至于非色散系统。
光学排列：对于原子吸收，检测器必须观察初级光源（HCL），因为需要测量的是原子对光源特征辐射的吸收；而原子荧光的光学排列与原子吸收不同，往往要避开初级光源的直接射入，而以一定角度去观察原子化器，测定其向2pi立体角辐射的荧光。在有的资料上可以看到right angle view(直角观察)和front view(正面观察)这样的光学排列。
原子化器两者可以是相同的，我国生产的原子荧光原子化器主要是氢化物发生原子化。这是具有我国自主知识产权的仪器！
大多数AFS分析的元素，原子吸收都很难做，所以有人称其为原子吸收的好朋友，原子吸收的补充。
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